Agli inizi dell’Età Imperiale il porto fluviale di Ostia non risultava più sufficiente a contenere le necessità ed i ritmi dei traffici commerciali di Roma: si decise cosi di realizzare un nuovo porto, questa volta marittimo, che fosse però collegamento a Roma per via fluviale.
Il sito prescelto per la costruzione del nuovo porto fu una località a nord di Ostia e della foce naturale del Tevere, che era sì una comoda via d’accesso al mare ma era anche soggetta ad insabbiamenti che rendevano difficoltosa la navigazione. Il progetto della nuova struttura prevedeva la creazione di un canale artificiale (forse un semplice ampliamento di un ramo della foce del Tevere), di un bacino portuale dell’ampiezza di circa 80 ettari e di un molo foraneo lungo 800 metri. Il decreto di costruzione fu emesso nell’anno 42 d. C. dall’imperatore Claudio, che poté quindi abbinare all’opera il proprio nome: i tempi di realizzazione però non gli permisero di vedere ultimata l’impresa e l’inaugurazione del Porto di Claudio fu presieduta nel 54 d. C. dall’imperatore Nerone. Al momento dell’inaugurazione fu fatta circolare una moneta celebrativa recante la raffigurazione del Porto.
Gli scavi condotti nel 1957, in concomitanza con la costruzione dell’Aeroporto, hanno permesso di portare alla luce i resti di alcune imbarcazioni – ora conservate presso il Museo delle Navi – e di alcune parti dell’antica struttura del molo, oltre a resti di un portico, magazzini ed altri edifici, probabilmente tabernae, risalenti, queste ultime, ad epoca severiana. E’ inoltre possibile intravedere le fondazione del faro, costruito facendo appositamente affondare la nave che era servita a Caligola per trasportare a Roma il grande obelisco che possiamo ammirare oggi in piazza San Pietro.
Il Porto di Claudio risultò soggetto ad insabbiamenti e le sue strutture vennero a trovarsi lentamente interrate: il processo d’interramento pare fosse già concluso agli inizi del III secolo d.C. poiché a quella data sembrano risalire le tombe alla cappuccina che furono rinvenute nei pressi del molo sinistro. Nel frattempo, agli inizi del II sec. d.C. l’imperatore Traiano fece erigere un nuovo porto. Il Porto Traiano comprendeva un ampio bacino artificiale di forma esagonale, scavato sulla terraferma nelle vicinanze del Porto di Claudio: il bacino, ancora perfettamente visibile, era collegato al Tevere e quindi a Roma tramite un ampliamento del canale artificiale fatto scavare da Claudio ed ora noto come Fossa Traiana. Gli edifici e le strutture del Porto di Claudio furono restaurate, collegate al nuovo porto tramite darsene e riutilizzate per la nuova struttura portuale; a queste ne vennero aggiunte altre, assai sontuose ed ancora parzialmente visibi: ad esempio, il Palazzo Imperiale, forse la residenza del Procuratore del Porto. Si notano anche il tempio di Bacco, a pianta rotonda, ed il tempio di Portunno.
In modo spontaneo, a partire dalla metà del II sec. d.C., a ridosso del porto sorse una città, poi denominata Portus, che si dotò ben presto di una cinta muraria (in seguito restaurata da papa Leone IV nel IX sec. d.C.) e già nel sec IV d.C. risulta essere sede episcopale: riferibili al porto e poi alla città di Portus sono l’ampia necropoli rinvenuta a partire dal 1925 durante i lavori di dissodamento del terreno dell’Isola Sacra, lo Xenodochio di Pammachi e la Basilica Paleocristiana, eretta sfruttando alzato e fondamenta di edifici preesistenti.
L’edificio basilicale sorse IV sec. d.C.: questo primo edificio constava di una semplice aula rettangolare suddivisa in tre navate; alla struttura più antica vengono aggiunti nel corso del V sec. una abside e due nuovi ambienti; nell’VIII sec nella navata ovest viene costruito un fonte battesimale, una vasca esagonale completamente rivestita di marmo ed adatta alla somministrazione del battesimo tramite immersione, secondo la norma del tempo.
La Basilica rimase in uso fino al XII sec; in seguito venne abbandonata, come dimostrano le fasi di spoliazione e distruzione del monumento, attestate a partire dal XIII sec.
Il Museo delle Navi Romane di Fiumicino, aperto al pubblico nel 1979, si trova all’interno della zona aeroportuale “Leonardo da Vinci” e conserva le navi rinvenute nel corso degli scavi condotti durante i lavori di realizzazione dell’aeroporto presso il sito dove, in epoca romana, era ubicato il Porto di Claudio. Si tratta di quattro imbarcazioni mercantili o navi onerarie, una barca da pesca e due strutture frammentarie riferibili a due ulteriori  imbarcazioni riferibili a due ulteriori imbarcazioni. Il materiale è estremamente interessante: le navi sono sistemate su telai metallici che sostengono le fragilissime strutture consentendone nel contempo la perfetta leggibilità; i reperti archeologici esposti sono corredati da modellini, pannelli che descrivono i lavori di scavo, immagini che illustrano il recupero delle navi, tavole geografiche, grafici e diapositive che presentano i metodi romani di costruzione delle imbarcazioni, i principali porti e le rotte navali dell’epoca.